生態檢核機制最早為水利署、水保局及林務局等單位於石門水庫整治計畫下開始發展，經數年的積極辦理推動並獲得成效後，各單位分別依任務目標與工程特性擬定相關作業準則，包括水保局「環境友善措施標準作業書」、水利署「水庫集水區工程生態檢核執行參考手冊」、「水利工程生態檢核作業機制」、林務局「國有林治理工程加強生態保育注意事項」等。

       為減輕公共工程對生態環境造成之影響，並落實生態工程永續發展理念，維護生物多樣性資源與環境友善品質，公共工程委員會於95年度辦理「建立生態工程案件檢核評估作業之研究」委託研究案，初步建立相關檢核評估表，續於 96年4月函請內政部、經濟部、交通部、環境部及行政院農業委員會進行試辦作業後，由各部會本權責推動。

       公共工程委員會考量公共工程應注重生態保育，研訂「公共工程生態檢核機制」，於106年4月11日辦理研商會議達成共識後，請各計畫中央目的事業主管機關將本機制納入計畫應辦事項。另於106年4月25日頒訂「公共工程生態檢核機制」並於110年10月06日工程技字第1100201192號函修訂為「公共工程生態檢核注意事項」，函請目的事業主管機關將生態檢核納入計畫應辦事項，以減輕公共工程對生態環境造成負面影響，秉生態保育、公民參與及資訊公開之原則，落實生態保育之政策。

公共工程生態檢核作業流程圖 ⚲